【2026年最新】事業承継・M&A補助金(第16次公募・専門家活用枠)を徹底解説｜申請受付10/2〜11/6

会社を譲り渡す側にとっても、譲り受ける側にとっても、M&Aには専門家への報酬やデュー・ディリジェンスの費用など、決して小さくないコストがかかります。この負担を軽減できるのが「事業承継・M&A補助金(専門家活用枠)」です。

今回、第16次公募の詳細が公表されました。申請期間が限られている制度のため、少しでもM&Aを検討している経営者の方は、スケジュールだけでも押さえておきましょう。

1. 申請スケジュール

第16次公募の主なスケジュールは以下のとおり。

• 公募要領の開示：
  2026年9月4日(金)〜
  
• 申請受付期間：
  2026年10月2日(金)〜2026年11月6日(金)17:00【厳守】
• 採択・交付決定：
  申請後の審査を経て、決定通知が届きます補助事業期間:2027年1月(下旬予定)から14か月以内を想定

申請受付は約1か月間と短く、締切も時間まで厳密に定められています。「まだ先の話」と思っていても、準備には後述するGビズIDの取得なども必要になるため、早めに動き出すことが重要です。

⚠️ 着手のタイミングにご注意ください

専門家との委託契約や発注・支払いは、必ず交付決定を受けてから行う必要があります。交付決定前に契約・発注・支払いを済ませてしまった費用は、補助対象外となってしまいますので注意が必要です。

2. どちらの立場で申請するか ― 2つの支援類型

この補助金は、M&Aにおけるご自身の立場によって申請する枠が異なります。

• 買い手支援類型(Ⅰ型)：
  M&A等により、他社の株式や経営資源を譲り受ける予定の中小企業等が対象

• 売り手支援類型(Ⅱ型)：
  M&A等により、自社の株式や経営資源を譲り渡す予定の中小企業等が対象

譲り受ける場合も譲り渡す場合でも申請することが可能です。

3. 補助金額と補助率

（補助金額）

• 補助下限額:50万円
• 基本の補助上限額:600万円

（補助率）

• 買い手支援類型:2/3以内
• 売り手支援類型:1/2以内(直近決算が赤字、または営業利益率が低下しているなどの要件を満たす場合は2/3以内)

さらに、以下の費用は上乗せ・併用が可能です。

• デュー・ディリジェンス(DD・買収監査)費用:上限額に+200万円加算可能
• 廃業費:廃業を伴う場合に+300万円まで併用申請可能

なお、補助事業期間内にM&Aが成約(クロージング)しなかった場合、補助上限額は300万円に変更され、原則としてDD費用などが対象となる点にも注意が必要です。

4. 補助対象となる主な経費

M&Aの手続きを進めるうえで発生する、以下のような費用が対象です。

• 委託費：
  FA(ファイナンシャルアドバイザー)や仲介業者への着手金・中間報酬・成功報酬、企業価値算定費用、デュー・ディリジェンス費用、弁護士への契約書作成費用など

• システム利用料：
  M&Aマッチングプラットフォームの登録料・利用料

• その他：
  謝金、旅費、外注費、表明保証保険料など

一点注意が必要なのは、FAや仲介業者に支払う費用を補助対象とする場合、国の「M&A支援機関登録制度」に登録された事業者を利用する必要があるという点です。依頼先を選ぶ際は、登録の有無も確認しておきましょう。

5. 申請前に押さえておきたいポイント

GビズIDプライムアカウントが必要：
電子申請システム「Jグランツ」を通じて申請するため、アカウントの取得が必須です。取得には通常1〜2週間(混雑時は3週間程度)かかるため、申請を検討する段階で早めに手続きを進めておくと安心です。

申請するのに絶対に必要になるものなので、まずはこちらの取得を進めましょう。

買い手・売り手いずれの立場であっても、専門家に依頼する費用の負担を軽減できる制度です。申請期間は10月2日〜11月6日の約1か月間と限られていますが、上記のようにJグランツの取得などや申請内容の記入など準備に時間を要するので、早めに取り掛かる必要があります。